Situa-se a três quilómetros da margem direita do Rio Paiva, ocupa 8,2 quilómetros quadrados, tem 348 habitantes e dista 8 quilómetros do concelho de Castro Daire. O povoamento desta freguesia é bastante antigo. O topónimo de São Joaninho, joanino no século XIV, representa um tratamento familiar e de certa forma carinhoso atribuído ao santo padroeiro deste local – S. João Baptista. O território desta freguesia, na primeira metade de século XII, estava integrado no couto de Mões, terras que pertenceram a Egas Moniz, aio de D. Afonso Henriques.

Contudo, o couto, que nos dias de hoje compreende as freguesias de Mões, Moledo (sul do rio), São Joaninho e Cujó (a norte) possivelmente terá sido criado por D. Moço Viegas, filho de Egas Moniz, no ano de 1150. A criação da paróquia deve-se, ao que parece, ao mosteiro da Ermida de Riba Paiva, seu protetor o célebre Mem Moniz “de Ribadouro” – tio de D. Moço Viegas, Senhor de Mões. Segundo as Inquirições de 1290 no que concerne a todo o couto de Mões, incluindo São Joaninho: “foi todo herdamento e honra de Dom Moço Viegas e ora… (seus sucessores) … herdamentos de Cárquere e do Mosteiro da Ermida, e do Mosteiro de Arouca e de Entre-Ambos-os-Rios e de homens filhos de algo e de donas e…da Sé de Viseu e…do Hospital”. Sabe-se que nos finais do século XVIII, o mosteiro da Ermida apresentava, ainda, o pároco de São Joaninho.